新任「瓦爾克麗」女帝，欲以軍事力量制裁東大陸的新興大國～夢圖。制裁行動招致了夢圖王國的強烈不滿，夢圖領主遂宣布自立為王，兩國之間形成了激烈的對峙，並將整個愛斯嘉大陸捲入亂局。

　　戰事僅短短維持了一年便以停戰告終，在兩國停戰之後看似已漸漸回歸平靜，但事實上檯面下的角力依舊頻頻。

　　時序輾轉來到一年多前，神秘的瘟疫突然在民間迅速蔓延開來。感染者會變化成毫無憐憫之心的嗜血狂徒，四處攻擊村莊與生物。因此、世人給了這個瘟疫一個名字～那姆塔熱！

　　在人民處於水深火熱的境地掙扎時，一支專門搜集並調查此類事件的「那姆塔調查隊」，便由此應運而生.........

　　來到拉朵那森林，發現地面被剛才的光芒墜落，破了個大洞。墜落點有個發光的球體，兩人上前觀看時，發覺已被光芒引來的夢圖士兵包圍了！這時隊友 「克莉絲汀」也被從天而降的光芒引來，一起共同對付夢圖士兵！

　　回到瓦爾克麗王城，少女在休息後醒轉過來，表示什麼都想不起來了，只知腦海裡有個聲音一直呼喚她叫 「克菲兒」，感覺那應就是自己的名字。並說有種必須得完成重要事情的預感，但就是一直起不起來，因此決定與「妮雅」等人一起行動，或許也能喚回記憶。

　　「里歐娜」看「克菲兒」在森林裡能嚇走魔物的奇異現象，認為她一定不是普通人，若能和眾人一起行動，或許會有些意想不到的收獲。因此在與 「妮雅」商議後，答應讓她加入隊伍之中。

　　此時「克莉絲汀」來告訴「妮雅」，說國政代理官已將「妮雅」所率領的那姆塔調查隊，正式調為中央軍部直轄單位，以後「妮雅」可以直接任命任何符合資格的隊員進行兵種轉職了！開放了以下系統功能：

　　當初夢圖人想要普及元素之力，或許因此才讓女帝憤怒，因為對迷霧之間來說，這根本就是褻瀆了神聖元素論。這時 「妮雅」才感到有些不對勁，因為記得此村應滿熱鬧的，怎麼今天卻看不到人影。話語才剛說完，就聽到村內傳來女子的尖叫聲。

　　一行人衝進村內，見到一名受那姆塔襲擊的女獵人。「克菲兒」獨自走向那姆塔，並以發光的雙手觸摸那姆塔，被觸摸後的那姆塔竟一動也不動癱在地被淨化了！這時有更多的那姆塔接近過來了，眾人備戰出擊！

　　女獵人表示名叫「艾絲翠德」，與妹妹一起住在森林裡，但受到那姆塔攻擊時，她先逃了出來，妹妹「凱倫」尚未逃出還在森林的小屋，因此請眾人幫忙前往救人。

　　來到森林裡艾絲翠德的小屋，見到許多那姆塔已將小屋包圍，得趕快消滅他們，救出被困在小屋內的妹妹。

　　眾人找了一段時間仍沒有找到 「凱倫」，隨後「艾絲翠德」談及她妹妹的一次奇怪經歷。在某天的晚上，小屋外突然閃爍著紅色光芒，兩姐妹出去看見一小塊水晶似的東西飄浮在半空中， 「凱倫」好奇的去觸摸，水晶突然射出刺眼強光，待再睜開雙眼時，水晶已然消失，「凱倫」也昏倒在地。從那天起、「凱倫」時常出現火焰在她全身燃燒的幻覺，同時全身溫度也高得不像話，精神變得越來越消沉，也不敢和別人接觸了！

　　「妮雅」見「艾絲翠德」愛妹心切的擔憂心情，提議她加入隊伍一起去找妹妹。「艾絲翠德」感謝眾人之助，欣然地加入隊伍，一起來到琴斯湖畔。

　　湖畔見到湖澤族長的侍衛官「菲莉妲」及居民，被夢圖銀月城兵長抓住。原來兵長是奉「法芽爾 」大人之命，要抓這些居民回去當試驗的素材。「妮雅」一行人當即備戰出擊救人！

　　眾人認為那姆塔熱的盛行，或許跟銀月城的實驗有關，且據族長的情報，得知銀月城東翼的密室就是實驗室所在，一行人決定前往調查。

　　當夜、在「菲莉妲」的帶領下，來到只有他們族人知道通往銀月城的琴斯湖水下秘道，哪知秘道內已遭魔物盤踞，看來要通過得花點時間囉！

　　一行人在想該如何離開大牢時， 「艾絲翠德」使出她的專長，打開大牢之門救出大家，隨即整備對抗看守的士兵！此時「艾絲翠德」的《開鎖》技能開放，所以往後在戰場上須開鎖的物件或寶箱，可得派咱 「艾絲翠德」妹子才可哦！

　　「妮雅」明白「菲莉妲」想解救同胞的心情，而她們瓦爾克麗人也不是怯懦之輩，決定按原訂計劃，繼續摧毀銀月城的秘密實驗室。

　　來到實驗室內見到「法芽爾」正在實驗「特瑞莎」。「法芽爾」說實驗是利用黑物質來吞噬人的生命能源，並轉化為養分，再利用開發的微型裝置，將它移轉到自己身體內使用，且又不會受到黑物質的反噬。一行人為救 「特瑞莎」，備戰展開救人行動！

　　「克菲兒」感到「法芽爾」體內與那姆塔同樣的氣息，且突然之間暴增了數倍。必須想辦法壓制 「法芽爾」，才能對她使用淨化之術。眾人當即展開戰鬥！

　　「妮雅」與「菲莉妲」趁機攻向「法芽爾」，將她左手砍下時，幾名那姆塔衝上前來，帶著負傷的「法芽爾」逃之夭夭。「克菲兒」也因抗衡「法芽爾 」而體力負荷不堪昏了過去。

　　同一時間、在陰暗處兩名來自異世界的半龍族，對「克菲兒」能淨化那姆塔的能力感到興趣，正計劃著某些陰謀.......

　　「克菲兒」昏睡夢境中，聽到謎之聲告訴她要快點找到愛斯嘉大陸的《女神聖物》，如此才有辦法對抗「她」的存在，否則萬物都將面臨毀滅......。醒來後，將夢境之事告訴眾人。

　　據聞有名脾氣古怪的煉金士，也在打探女神聖物的消息，找到他或許能知道有關女神聖物的事情。眾人認為此事可能和未來息息相關，說不定也跟 「克菲兒」身上所發生的事有所關聯，決定去尋找那名煉金士。而「特瑞莎」也決定與眾人同行，一起為尋找煉金士的任務效勞。

　　突然間、昏暗的角落裡出現一道銳利的亮光，隨後跑出一隻擁有能夠模擬其他魔獸的特殊能力，生長妲西半島的小型魔獸「波莉鼠」。牠好像很喜歡 「克莉絲汀」而爬到她身上，「克莉絲汀」收留了牠，並取名為「露露」。

　　一行人途經佳水小徑時，見到一名銀髮少女遭到夢圖士兵的追殺，眾人當即上前展開救人護衛行動！

　　來到芯瑪的小屋見到「芯瑪」，不過這位傻大姐也是神經大條一族，喝醉酒還胡亂煉成實驗而失敗，從藥缸煉出了魔物 >"<！見到一行人來到，請大家幫忙清理那些不斷冒出來的魔物，她會趁機抑制住藥缸內暴衝的元素反應。

　　「芯瑪」隨後表示在被稱為聖山的蒙欣曼山，可能有《大地之石》的存在，但她曾經入山找了很長一段時間，卻毫無所獲，只剩唯一的山儷村還無法仔細調查。

　　「妮雅」等人決定前往山儷村調查，而見錢眼開的「芯瑪」，在「妮雅」開出一百枚金幣的誘惑下，答應加入隊伍，帶著眾人前往蒙欣曼山找《大地之石》。

　　來到山儷村見到當地原住民「塔塔莎」和「多多莉」，她們說著讓人聽不懂的當地土語，「芯瑪」還自告奮勇的上前當翻譯，結果是不懂裝懂而惹毛了她們，氣怒的打了過來。

　　機警的「芯瑪」謊稱說「妮雅」一行人是來挑戰「巨靈」的，「波波可」在「芯瑪」的說辭下，決定請示祖靈來決定是否讓她們挑戰「巨靈」。於是眾人隨著「波波可」來到廣場中央的火堆前，只見「波波可」用土語高聲唱誦後，突然火堆冒出一團火煙。原來這是「芯瑪」從中使用助燃劑搞出的，讓「波波可」認為祖靈回應而答應讓眾人去挑戰傳說中的「巨靈」。

　　翌日一早，「多多莉」和「波波可」說「塔塔莎」獨自闖聖地挑戰「巨靈」去了，因為「塔塔莎」原本就是這次「巨靈」的挑戰者，或許是因為不想輸給擅自跑來攪和的外族人，所以才會前往挑戰吧！

　　「多多莉」擔心她最好的大姐姐「塔塔莎」，決定加入隊伍與眾人前往聖地救人。來到聖地見到獨自闖陣的「塔塔莎」處境危急，眾人當即上前幫助。

　　翌日、「波波可」大巫師帶領大家來到彩虹崖，觀賞聖山的美麗景色。突然吹起一陣怪風，半龍族戰士「魁」襲擊而來！

　　回到村內，發現放火燒村的竟是「艾絲翠德」的妹妹「凱倫」。原來她已被黑物質所控制了，不止放火還遭眾人攻擊而來！

　　在同伴的醫治下，「艾絲翠德」終醒轉過來，眾人才因此鬆了口氣。在商議尋找其它女神聖物時，「芯瑪」說在山儷村的古籍中找到一些線索，配合她手上的資料，比對出南方的暴風族領域，可能有聖物的存在。一行人決定依此線索追查。

　　此時「波波可」大巫師請求「妮雅」，讓「多多莉」和「塔塔莎」加入隊伍一起前往。因為那些狂妄的半龍人，以及放火的混帳傢伙，山儷村的每個人民都不會放過她們，所以託付她們倆人，為族人完成報仇雪恨的使命。 「妮雅」明白她們的心情，答應了她們的請求。

　　「妮雅」一行人為了尋找女神聖物，往暴風族領域的風切口出發了......

　　數天後，暴風峽谷某處，落敗逃回的半龍族「魁」與另一名半龍族人，正在盤算女神聖物的陰謀計劃，並談論著「法芽爾」被她們利用還不自知而津津樂道中.....

　　同一時間，在暴風峽谷附近，暴風族少女「葛蘿蒂亞」，為了即將到來的見習傭兵考試而在風切口練習，但為自己天生的小翅膀無法飛行而煩惱著。此時遇到強盜的騷擾襲擊，幸得傳言中 有死亡暴風殺人魔之稱的「海倫娜」趕到，一起對抗這群盜賊。

　　「葛蘿蒂亞」對「海倫娜」百般的崇拜而想成為和她一樣的傭兵，但 「海倫娜」擔心訓責地說她的身體條件，是不可能成為一名出色的暴風族傭兵，之後便張開翅膀，頭也不回地往灰夜林的方向飛去。

　　傷心的「葛蘿蒂亞」哭泣著，此時半龍族「碧」來到，說有辦法恢復「葛蘿蒂亞」的翅膀，將她帶到蒼鷹祭壇大門前，用黑物質控制「葛蘿蒂亞 」打開神殿大門，並一起進入奪取暴風族過去供奉的《風雷之石》，遭遇到神殿守護者的試煉！

　　多場 S 評價戰役下，此時兵種 RANK 值也達到 3 星兵種解鎖了，帶著眾姐妹們去轉職唄！^^

　　「妮雅」一行人抵達暴風峽谷，見到暴風族族長「伊莎貝拉」。跟她說明來尋找女神聖物之事，並請她讓眾人能在族內遺跡尋找，但遭到族長的婉拒。此時蒼鷹祭壇傳來巨響，族長帶人趕往察看， 「妮雅」一行人也決定隨後看看。

　　一行人來到蒼鷹祭壇，見到被黑物質控制，且身上有一股與大地之石相類似力量的「葛蘿蒂亞」。族長見事態已演變至此，道出《風雷之石》就在蒼鷹祭壇的風之神殿，而能讓 《風雷之石》重新現世的關鍵鑰匙，便是繼承守護之血的後裔，那個人就是「葛蘿蒂亞」，這個秘密只有歷代族長知悉，但為何「葛蘿蒂亞」會知道就讓人疑惑了！

　　族長表示必須立刻回族裡召集戰士們組織防衛線，請「海倫娜」(若「海倫娜」沒加入就請「妮雅 」) 拖住「葛蘿蒂亞」，但也希望眾人不要傷及「葛蘿蒂亞」的生命。「妮雅」一行人也決定幫忙救人。

　　(1) 「海倫娜」沒加入隊伍：「葛蘿蒂亞」墜落峽谷深淵而亡。 如此「葛蘿蒂亞」妹子就無緣成為隊友囉！
　　(2) 「海倫娜」加入隊伍：「海倫娜」飛衝而下，接住掉落深淵的「葛蘿蒂亞」，保住了她的性命。

　　此時「碧」擊毀通行的吊橋欲逃離時，幸得暴風族的援軍從後圍堵，「妮雅」等人要趕快通過斷橋，向「碧」搶回《風雷之石》！

　　數日後，「妮雅」一行人回到瓦爾克麗王城，因正值四年一度的豐收女神祭，所以街上熱鬧非常。「里歐娜」表示稍晚會向女帝呈報眾人目前任務進度， 「妮雅」對女帝似不太信任，要「里歐娜」暫且勿向女帝說明女神聖物之事。

　　此時玫瑰騎士團的「瑪蒂妲」來到，言道要在豐年祭的競技場上打敗「妮雅」。這也是「妮雅」回城的原因，因為要履行與「瑪蒂妲」在競技場一決高下的約定！

　　原來「瑪蒂妲」是瓦爾克麗王國玫瑰騎士團團長的斷承者，而玫瑰騎士團的主要任務便是專門運內境內的天使之泉，以確保王國在繁衍後代方面能夠沒有後顧之憂。

　　「瑪蒂妲」的另一個身份，就是千年前從異世界來到愛斯嘉大陸，幫助瓦爾克麗討伐魔頭「碧娜維姬」，並平定拉那洛之亂的遊騎兵大將「蘇蘭達 」的後裔。「瑪蒂妲」也因此從小就知自己未來將成為玫瑰騎士團的領導者，因此一直以來便受到極度的保護而無法與一般人自由往來。

　　「妮雅」當時根本就是學校裡的小霸王，「瑪蒂妲」向她遞出了挑戰書，進行一場秘密的決鬥，但勝負如何只有她倆知道！從那一天起，「瑪蒂妲 」便開始在「妮雅」身邊打轉，一直到畢業後，她正式授勳加入玫瑰騎士團，成為見習騎士到外地巡守。而這一次的競技場對決，就是兩年前「瑪蒂妲」跟 「妮雅」約定的........

　　接著續戰第二場輪戰役囉！

　　「妮雅」一行人返回瓦爾克麗王城，在休息整備後， 「妮雅」表示約定的事已完成了，該是出發繼續尋找剩下的女神聖物了。此時「瑪蒂妲」來到，見到「妮雅」又要離開王城，表示「妮雅」不待在城裡，她也沒啥好待的了 。於是乎！硬加入隊伍要與眾人一起出發，「妮雅」對她沒辦法，所以只好讓她同行囉！

　　同一時間，在某個不知名的地方，半龍族戰士「碧」依據異聞錄上的記載資料，控制著「凱倫」要到火之神殿獲取《火炎之石》........

　　翌日、「妮雅」一行人登上船隻，往下個目的地凱米拉群島出發。途中遇到「法芽爾」的船隻撞擊，「芯瑪」認出她就是在當時煉金士組織「不朽之手學會」裡，有「不朽之手」響亮稱號的「法芽爾」，但在瓦爾克麗與夢圖兩國的大戰爆發後，便銷聲匿跡了！

　　「法芽爾」憤道大戰害得她的女兒「貝絲」受重傷命危，為了救女兒遂與半龍族合作，以吸引大量的黑物質來保留女兒的靈魂，並在一次偶然的機遇下，將女兒靈魂的黑物質晶體植入「克莉絲汀」的體內.......

　　「法芽爾」喚醒女兒「貝絲」的靈魂意識，佔據控制了「克莉絲汀」的軀體。眾人必須搶在「貝絲」的靈魂完全控制「克莉絲汀」的身體之前，盡快讓「克菲兒」對她使用淨化之術！

　　「克莉絲汀」醒來後，表示「貝絲」的靈魂在脫離黑物質消失前，讓她看見了所有事情的經過。「法芽爾」只是一名失去女兒的可憐母親而已，造成這些悲劇的的幕後操縱者就是半龍人，一行人決定無論如何都必須想辦法阻止她們的禍害！

　　※此時開始只要不同人當隊長，就有觸發四星兵種支線任務。因為四星兵種還沒解鎖，所以現在去解也是沒法轉職的，等第六章四星兵種解鎖後再解吧！

　　眾人搭乘的船隻繼續往凱米拉群島航行。翌日遇到大風浪，「菲莉妲」感到這巨大風浪非比尋常，果不其然一隻大海怪竄出抓住船隻，「克莉絲汀」不慎落海，「菲莉妲」跳入海中搶救不會游泳的「克莉絲汀」，其他人備戰對付大海怪！

　　眾人醒來發現身處在海底通道，「克菲兒」說是《大地之石》又再度發揮力量，將眾人安全地送到海底，並且隨著漩渦的暗流來到這個海底通道。

　　「克菲兒」表示感應到通道裡有潮水之石的能量，一行人沿著海底通道，進入到一個巨大的石室裡找到潮水之石。正欲上前取得時，半龍族戰士「魁」出現要眾人交出女神聖物，大戰一觸即發！

　　一行人來到沙灘上休憩時，「艾絲翠德」見到了妹妹「凱倫」，然而她已受黑物質的控制，再度出手向眾人襲來！

　　一行人依據「凱倫」提供火之神殿所在地的線索，來到被稱作炎狼的聖盃的火狼山附近的煉獄谷。此時半龍族「碧」前來阻攔，她原以為「凱倫 」已在她的玩弄下被眾人所殺。然而事不如她意，「艾絲翠德」與眾人義憤填膺的攻向「碧，大戰一觸即發！

　　「妮雅」一行人來到火狼山遇到半龍人「凰」的攔截，她說她們是從異世界拉洛雅來到這裡的半龍族。拉洛雅在度過一段相當長的和平歲月後，一名叫做 「阿瑪吉兒」的神秘人物，讓整個拉洛雅陷入空前危機。

　　「阿瑪吉兒」隻身一人，利用身上分裂出來的黑物質，控制並奪取生命能源為已用，憑藉著這股可怕的黑色力量，就顛覆了整個拉洛雅。後來她發動了連結其他世界的魔法陣，讓半龍族成為她的棋子，替她奪取更多生命能源，進軍其他世界。

　　「芯雅」好奇詢問「凰」，能淨化黑物質的「克菲兒」，照理說她應該是半龍族計劃的絆腳石，為何遲遲未對「克菲兒」下手。「凰」言道「克菲兒 」能克制黑暗意念的力量，正好可利用來對抗「阿瑪吉兒」，因為她們半龍族不甘做為「阿瑪吉兒」的棋子，任她差遣，要徹底打敗她，得到爭服全世界的力量！

　　為了阻止半龍族的計劃，也為保護「克菲兒」不讓她落入半龍族手中，眾人群起對抗「凰」！

　　這時女帝直屬秘術部隊奧擊團團長出現，「里歐娜」更向「妮雅」說聲抱歉，言道自己是瓦爾克麗軍人，對女帝的命令必須無條件服從， 一轉眼便搶下裝有女神聖物的袋子，直朝奧擊團的方向奔去......

　　「克莉絲汀」好奇地問女帝取聖物的目的，奧擊團團長言道女帝一心想終結愛斯嘉大陸的分裂局面，所以要獲得聖物的強大力量來滅夢圖國。而 「克菲兒」有可能就是掌握聖物力量的關鍵，所以也要將「克菲兒」帶回城內嚴加保護！

　　眾人為免兩國再爆發大戰，也為保護「克菲兒」免落入奧擊團手上，群起對抗奧擊團！

　　「妮雅」挺身為「克菲兒 」擋下一擊而受重傷奄奄一息，言道只要有她在，絕不允許任何人傷害「克菲兒」及任何人！「里歐娜」見此也回歸隊伍一起對抗「凰」！

　　「凰」表示若「克菲兒」與她融為一體，就絕對能打敗「阿瑪吉兒」，獲得支配全世界的力量！「妮雅」見情勢對眾人不利，要「里歐娜」帶著眾人逃回王城，但眾人哪會丟下 「妮雅」不管而皆留下禦敵！

　　此時「凰」施展大火球向眾人襲來，只見「克菲兒」唸著咒文，巨大的聖光阻斷了大火球的攻擊，並讓「妮雅」的傷勢復原，氣力慢慢地恢復，一起與眾人聯手對抗 「凰」！

　　此時「妮雅」傷重倒地，原來「克菲兒」剛才只是用體內湧現的那股神秘的力量，將一部份轉移到 「妮雅」身上，讓「妮雅」暫得恢復，但這股力量在剛剛對「凰」的時候已完全用盡.......

　　「妮雅」臨終前，囑咐「克菲兒」在未來戰役面對「她」的時候，要善用那股重要的神秘力量。也交託「里歐娜」和「瑪蒂妲」要極力不能讓戰事再次發生，不能讓這好不容易才維繫住的和平就此斷送。 而今後整個愛斯嘉大陸的事就交給大家了.........「妮雅」的聲音漸漸低沉而離世.......

　　「克菲兒」表示在「妮雅」為掩護她而受重傷的時候，自己因思緒與心靈都受到強烈的衝擊，解決了身上的靈識封印，已經恢復所的記憶，所有的事情都想起來了。道出 自己並不屬於這個時空，就如同「阿瑪吉兒」一樣。而「阿瑪吉兒」就是千年前那場兩境大戰中，吞噬了「碧娜維姬」殘餘能量而重獲生機的黑魔石！

　　「克菲兒」說要徹底解決黑物質帶來的災難，就必須消滅源頭，也就是黑魔石「阿瑪吉兒」。而這個任務必須由自己親自完成，所以需要女神聖物來對付，這也是她來到這個世界的目的。 之後、「克菲兒」帶著四件女神聖物與「妮雅」的配劍《艾普希之劍》，在與同伴們道別後，開啟異世界之門往拉洛雅的世界去了......

　　「里歐娜」、「瑪蒂妲」與「克莉絲汀」回到瓦爾克麗王城，將所有事情向女帝報告後，心想現下的女帝一定相當氣憤中。「瑪蒂妲」感慨昔日瓦爾克麗的三顆新星～聖劍 (妮雅)、黑虎 (里歐娜) 與玫瑰 (瑪蒂妲)，已經有一顆殞落了....。三人也決定替 「妮雅」完成她對瓦爾克麗人民的承諾。然而、瓦爾克麗王國內部的不安氣氛已經悄悄蔓延開來......

　　「艾絲翠德」回到山中小屋陪伴妹妹「凱倫」一起生活，希望回到以前那種無憂無慮的生活.....至少、「艾絲翠德」仍一直這麼希望著......

　　「特瑞莎」與「菲莉妲」回到湖澤族，而後、「特瑞莎」以湖澤族祭司的身份周遊列國，希望將整個愛斯嘉大陸導向一個和平安全的世界。而「菲莉妲 」作為「特瑞莎」最忠實的護衛與夥伴，也與她一同啟程.....

　　「芙蕾妮」問「芯瑪」有關瓦爾克麗王國會否向夢圖王國發動戰爭之事，「芯瑪」說這種事得看瓦爾克麗女帝和妳老媽之間的智慧囉 (由此可看見 「芙雷妮」的身份就是夢圖國的公主囉！^^)！兩人也就此踏上返回故鄉的旅途......

　　「塔塔莎」與「多多莉」回到山儷村以後，將關於黑魔石即將再度威脅愛斯嘉大陸的情報，告知「波波可」大巫師。只見「波波可」言道愛斯嘉大陸的末日預言，或許即將成真了，但不論如何，在這之前都必須先替山儷村做好準備唄.....

　　在愛斯嘉大陸南方的珊德拉島上，告別暴風峽谷的「海倫娜」與「葛蘿蒂亞」，展開了艱苦的修煉之路.......

　　而就在此時.........一道熟悉的身影，悄悄地抵達了異世界某處........

　　克菲兒：「這裡.......就是拉洛雅嗎........」(遊戲埋下了許多伏筆，所以 期待 EOA5 吧！)